Grecy (, Ellines; ) są od dawna obecni na Malcie, ślady tego mogą prowadzić w starożytność. Archipelag był intensywnie hellenizowany począwszy od III wieku p.n.e., proces, który przeplatał się z chrystianizacją Malty po I wieku naszej ery. Obecność Bizancjum została przerwana przez podbój arabski w roku 870, a ocalała społeczność grecka została zislamizowana. Chrześcijaństwo maltańskie obrządku bizantyjskiego zachowało się tylko w niektórych częściach kraju, będąc szczególnie ważne na Gozo. Grupy te stanowiły podstawę dla lokalnej gałęzi prawosławnej, odrodzonej po podbojach Normanów w latach dwudziestych XII wieku. Greckojęzyczna społeczność prawosławna, choć marginalizowana przez katolicyzm, który stał się dominującą wiarą, przetrwała do XV wieku.

Grecka imigracja została wznowiona w latach dwudziestych XVI wieku, na krótko przed osiedleniem się joannitów na Malcie. Składała się głównie z uchodźców z Imperium Osmańskiego, z których setki lub nawet tysiące uciekły z Rodos. Odtworzyli oni prawosławną kolonię, przypuszczalnie podlegającą arcybiskupstwu Ochrydy, ale także włączyli w swoje szeregi greckojęzycznych katolików obrządku łacińskiego i bizantyjskiego. W ciągu pięćdziesięciu lat, wraz z nadejściem kontrreformacji, dawna społeczność zmuszona była do połączenia się z dwiema ostatnimi. Do 1600 roku prawosławni Grecy formalnie wyrzekli się, ale w różnych udokumentowanych przypadkach nadal praktykowali swoje stare obrzędy. W obliczu tego skonsolidowana społeczność katolickich Greków porzuciła swoje tradycyjne centrum w Birgu i przeniosła się do Valletty, po czym stała się podatna na asymilację z głównym nurtem etnicznym.

W XVII wieku obecność wyznawców prawosławia została również spotęgowana przez osmańskich Greków, wziętych jako niewolnicy przez maltańskich korsarzy, z których niektórzy sami byli etnicznymi Grekami; pojawiły się również nowe fale Majnotów i Etolian. Powstała społeczność, choć niewielka, uczestniczyła w propagowaniu i „”. Wielu miejscowych Greków poparło także francuską okupację Malty, która poprzedzała wojnę francusko-osmańską. W okresie kolonizacji brytyjskiej przywódca maltańskiej społeczności greckiej Ioannis Papafis był sponsorem greckiej wojny o niepodległość. Grecy związani z katolicyzmem lub prawosławiem pozostawali obecni przez następne stulecia, chociaż ta ostatnia społeczność była nadal nieformalnie marginalizowana przez cały XIX wiek i obecnie stanowi niewielką mniejszość.

Wczesna obecność Różne znaleziska archeologiczne mogą sugerować pewne powiązania między starą cywilizacją maltańską a cywilizacją minojską, a następnie Grecją mykeńską. W latach dwudziestych XX wieku antropolog L. H. Dudley Buxton wysunął wniosek, że pierwotni mieszkańcy wysp Malta i Gozo byli kreteńskimi imigrantami. Wydaje się jednak, że starożytni Grecy nie włączyli żadnej wyspy do swojej kolonizacjia Morza Śródziemnego, być może z powodu braku na nich zasobów naturalnych. Wykorzystywali Maltę w celach handlowych, ale archipelag został przejęty i skolonizowany przez Fenicjan, a następnie przez Kartaginę. Gozo to prawdopodobnie mityczna wyspa Ogygia, opisana w „Odysei”, co może świadczyć o tym, że kiedyś osiedliły się tam grupy Mykeńczyków. Główna wyspa była znana w Grecji pod nazwą „Melite” (); jedna z teorii głosi, że nazwa „Malta” jest pochodną greckiego słowa oznaczającego „miód” (); brane było też pod rozwagę fenickie pochodzenie nazwy wyspy.

Pomimo tego, że Malta znajdowała się pod panowaniem Kartaginy, w III wieku p.n.e., kiedy zbudowała silne powiązania handlowe z Wielką Grecją, została kulturowo zintegrowana ze światem hellenistycznym. Koncentrując się na znaleziskach w Tas-Silġ, uczony Antonio Tempio sugeruje, że archipelag był regularnie odwiedzany przez kupców z Pithekoūsai, która miała mieszaną ludność kartagińsko-grecką. Wpływy greckie zostały wzmocnione dopiero po pierwszej wojnie punickiej, kiedy Malta została przyłączona do republiki rzymskiej, stając się później, obok częścią Cesarstwa Rzymskiego. Tak było zwłaszcza na Gozo, gdzie znaleziska archeologiczne dokumentują szeroki obieg monet starożytnej Grecji. Kiedy język punicki był lokalnie używany jeszcze w I wieku n.e., a być może nawet później, musiał konkurować z łaciną i greką (patrz Cippi Melqarta).

Greckojęzyczne Cesarstwo Bizantyńskie utrzymywało Maltę pod swoimi rządami od VI wieku naszej ery, a począwszy od VIII wieku chrześcijaństwo maltańskie było zorganizowane w ramach obrządku bizantyjskiego. Nieliczne dowody archeologiczne mogą sugerować, że miejscowi społeczności były pod dowództwem tourmarchoi reprezentującego tem sycylijski, ale pozostaje to sporne. Około roku 870, po zajęciu wysp i ich aneksji przez emirat Sycylii, zginęło około 3000 mężczyzn, a 3600 kobiet i 5000 dzieci padło ofiarą arabskich handlarzy niewolnikami. Pozostała społeczność grecka była prześladowana, jej biskup popadł w niewolę, a kościół zniszczony. Miejscowi Grecy w większości przeszli na islam, ale nadal mówili w swoim oryginalnym języku.

W okresie islamskiej konwersji narodził się również język maltański, który rozwinął się w dużej mierze z tzw. wschodniego arabskiego (Maghrebi Arabic) i języka sykulo-arabskiego. Średniowieczna greka pozostawiła „bardzo niewiele” lub „absolutnie żadnych śladów” w rozwoju tego języka. Istnieją jednak dowody na to, że kościół chrześcijański, prawdopodobnie bizantyjski, nadal przetrwał na Gozo, choć został odcięty od kontaktów z innymi częściami Europy. Relacja historyczna pochodząca od Al-Qazwiniego sugeruje, że w XI wieku katepanat Italii próbował przywrócić bizantyjskie panowanie nad Maltą. Ta próba została udaremniona, gdy Arabowie zgodzili się wyzwolić swoich niewolników, którzy przyłączyli się do obrony wysp przed chrześcijanami. Niemniej jednak pochodzenie etniczne tych mężczyzn pozostaje niejasne.

Diaspora normańsko-bizantyjska i rodyjska thumb|280px|Domniemany portret Jakuba Heraklida (Basilicus Melitensis), eksponowany w Birgu Po podboju południowej Italii przez Normanów w latach 20. XII wieku Malta została połączona z hrabstwem, a następnie królestwem Sycylii, i jako taka została włączona do normańsko-bizantyjskiej strefy kulturowej. Nowi władcy uwolnili i odesłali do domu tych chrześcijańskich niewolników, którzy wciąż przebywali na wyspach, ale przywieźli także ze sobą wielu Greków, których liczba była nieproporcjonalnie duża w marynarce normańsko-sycylijskiej. Podczas krótkiego istnienia greccy administratorzy brali udział w poskramianiu piratów arabskich. Wiersz greckiego zesłańca na Maltę, prawdopodobnie z roku około 1150, lamentuje, że ludność nadal jest w większości muzułmańska, oraz wyraża uznanie dla Normanów za ich wysiłki nawrócenia ich.

Pod koniec tej kampanii, którą można wiarygodnie datować na XIII wiek, maltańscy Arabowie i greccy muzułmanie na ogół przeszli na katolicyzm. Istnieją jednak dowody na to, że przynajmniej niektórzy maltańscy Grecy opowiedzieli się za Kościołem prawosławnym (patrz Wielka schizma wschodnia). Niektóre skryte sanktuaria mogą wskazywać, że mnisi bazylianie, być może związani z prawosławiem, działali na Malcie. Nekrolog znaleziony w 2012 roku wspomina o Nicólaos Protopapàs Máltes (zm. 1230). Jego greckie nazwisko, które można odczytać jako „Protopop”, może sugerować, że prawosławie zachowało strukturę kościelną. W latach 60. XII wieku Sycylia i Malta stały się część osobistego imperium zbudowanego przez Karola I. Według antropologa Stefana Goodwina, w tym okresie „chwiejący się pluralizm religijny nadal istniał w tym sensie, że prawosławni chrześcijanie, żydzi i nadal stanowili znaczną mniejszość populacji”. Rdzenne greckie prawosławie na Malcie prawdopodobnie wymarło w połowie XV wieku.

W tym kontekście pojawiły się inne grupy Greków. W lipcu 1401 r. Korona Aragonii (obejmująca Sycylię i Maltę od 1409 r.) zakazała wyzwalania greckich, czerkieskich, albańskich, ruskich, bułgarskich i wołoskich niewolników. Od XVI wieku większość Greków, którzy przybyli na Maltę, zrobiła to w wyniku wysiedlenia ich przez Imperium Osmańskie. Po oblężeniu w roku 1522, rycerze szpitalnicy zostali przepędzeni z Rodos i otrzymali w posiadanie Maltę. Rodyjscy Grecy poszli tam za nimi w liczbie setek lub nawet od 3000 do 5000 osób (do 20% całej populacji). Ogólnie rzecz biorąc, większość migrantów była początkowo prawosławna – jednak mieszkańcy Rodos najprawdopodobniej byli katolikami obrządku łacińskiego i bizantyjskiego.

Prawosławni i katoliccy Grecy z Malty i okupowanego przez Maltę Trypolisu otrzymali przywilej handlu z państwami muzułmańskimi i zintegrowali się handlowo z większą diasporą grecką. Jednocześnie greccy marynarze przyczynili się do narodzin maltańskiego korsarstwa. Już w latach trzydziestych XVI wieku archipelag był domem dla dobrze prosperujących greckich kupców maltańskich Sydero Metaxí i Stammato Galanti. Prawosławni Rodyjczycy osiedlili się na Malcie – wśród nich ksiądz Angelo Metaxí i zamożna rodzina Fundomali z Birgu. Wśród katolickich potomków tej rodyjskiej diaspory był poszukiwacz przygód Iacob Heraclid. Urodzony w Birkirkarze w 1527 roku, pretendował do tronów Samos i Chios, a ostatecznie służył jako książę Mołdawii we wczesnych latach sześćdziesiątuch XVI wieku. Rozpropagowane i częściowo zniekształcone przez szpitalników relacje z kariery Heraklida pozostawiły ślady w literaturze i maltańskiej i historiografii.

thumb|250px|Były kościół Matki Bożej z Damaszku, pierwotnie centrum społeczności obrządku bizantyjskiego Z czterema kościołami parafialnymi wymienionymi we wczesnych dokumentach Birgu pozostało ośrodkiem greckiej imigracji z Rodos. W 1565 roku, podczas Wielkiego Oblężenia Malty, Grecy z tego miasta dołączyli do kompanii milicji złożonej głównie z maltańskich mieszkańców. Po przeniesieniu stolicy joannitów z Birgu do Valletty, Greccy konwertyci zostali zaproszeni do osiedlenia się w tym ostatnim, i otrzymali tam kościół św. Mikołaja. Pomimo tego, że Malta była państwem katolickim, była nieco tolerancyjna wobec obecności wyznawców prawosławia, a do roku 1621 grecko-prawosławna wspólnota na archipelagu nawiązała bezpośrednie kontakty z Patriarchatem Konstantynopola. Jest prawdopodobne, że Malta i Gozo odezwały się do arcybiskupa Ochrydy poprzez sufragana urzędującego w Agrigento.

Inkwizycja i asymilacja W epoce kontrreformacji starania o wchłonięcie tej kongregacji przez katolicyzm stały się bardziej systematyczne. Grecy, którzy nadal byli prawosławni, wielokrotnie składali przysięgi unii z katolicyzmem jako wspólnota obrządku bizantyjskiego, ale pozostały one formalne. W latach siedemdziesiątych XVI wieku kardynał Giulio Antonio Santoro i rzymska inkwizycja odnotowali, że greccy „heretycy” opierali się takim próbom, biorąc swoje krzyżmo wyłącznie od ich „orientalnego prałata”. W roku 1575 w Birgu było 74 grekokatolików. Ich proboszcz, Emmanuel Metaxí, rozgniewał katolickich zwierzchników, pomijając odniesienia do Filioque i ignorowanie kalendarza gregoriańskiego. Inni Grecy obrządku bizantyjskiego byli ścigani za podobne przestępstwa związane z kalendarzem, co skłoniło księdza Constantina Sguro do zwrócenia się o poradę do Stolicy Apostolskiej. W innym przypadku pięć córek greckiego księdza zostało formalnie zbadanych przez Inkwizycję po oskarżeniach, że praktykowały czary przy użyciu krzyżma. W roku 1600 Metaxí przekazał kaplicę Matki Bożej z Damaszku mnichom z Kościoła Synaju; co niezwykłe, przekazanie to zostało kontrasygnowane przez katolickiego arcybiskupa Tomása Gargallo. Mnisi, którzy również zaspokajali potrzeby Greków w Bormli, przypuszczano, że byli konwertytami na katolicyzm, ale później okazało się, że pomijają Filioque.