W krótkim czasie od pojawienia się kart z układami PPC powstał projekt MorphOS – mający na celu przeniesienie systemu Amiga OS na architekturę PPC. Pracę programistów utrudniał brak dokumentacji – kody źródłowe systemu v3.0/3.1 stały się niedostępne krótko po upadku firmy Commodore. Istnieje także otwarta implementacja systemu AmigaOS pod nazwą AROS. Dostępna jest ona między innymi na platformę x86.
Obecna wersja AmigaOS 4.1 została przepisana całkowicie dla procesorów PowerPC i działa na komputerach AmigaOne, micro A1, SAM440ep, SAM440 Flex, Pegasos II. Oprogramowanie, które zostało napisane dla klasycznych Amig wyposażonych w procesory serii MC68x może być uruchamiane dzięki dwóm wbudowanym w system emulatorom: interpretowanemu, zapewniającemu wysoką zgodność z oryginalnymi układami sprzętowymi oraz JIT o nazwie Petunia zapewniającemu dużą prędkość emulacji.
mały|200px|AmigaOS i jego klony Jądro systemu charakteryzowało się wielozadaniowością, zaawansowanymi możliwościami graficznymi, ściśle związanymi z budową komputerów Amiga, a także niskim czasem reakcji, dzięki czemu znalazł on miejsce w zastosowaniach real-time, chociaż nie był do nich projektowany. Wadą był brak ochrony pamięci.