Kontynuował służbę w swoim pułku, otrzymał stopień kapitana, jednak jego karierę wojskową przerwał przypadek; 4 kwietnia 1945 w Austrii przypadkowym strzałem z pistoletu śmiertelnie ranił innego lotnika, Witalija Mikriukowa. 25 czerwca 1945 trybunał wojskowy 17 Armii Powietrznej skazał go za to na 8 lat pozbawienia wolności; później trybunał wojskowy Południowej Grupy Wojsk obniżył karę do 3 lat. Na podstawie postanowienia Prezydium Rady Najwyższej ZSRR z 7 lipca 1945 o amnestii związanej ze zwycięstwem w wojnie z Niemcami został zwolniony. Trybunał wnioskował o pozbawienie Bondara odznaczeń i początkowo naczelna prokuratura poparła ten wniosek, jednak rozstrzygnięcie tej kwestii było kilkakrotnie przekładane i ostatecznie w styczniu 1950 postanowiono zachować mu odznaczenia. Bondar służył w Siłach Powietrznych na Dalekim Wschodzie, otrzymał stopień pułkownika, w 1958 został zwolniony do rezerwy.