Monstrum atakuje wioskę, zabijając kapłana broniącego chramu i po tym wraca do swego legowiska. Jaszczur został rozpoznany przez Kenjiego jako Varan wymarły 185 milionów lat temu.
Raport o bestii dociera do władz. Prof. Sugimoto wysuwa hipotezę, że Baradagi to varanopod z ery mezozoicznej. Wojsko wkrótce gromadzi się nad rzeką Kitakami, w której mieszka Varan. Po ewakuacji tubylców wojsko wypuszcza toksyny do rzeki, aby zmusić potwora do wyjścia. Gdy wychodzi na ląd, zostaje potraktowany artylerią, jednak nie robi mu ona krzywdy. W wyniku zamieszania na Yuriko spada drzewo, znajdując się na drodze Varana. Horiguchi dostrzega brak Yuriko w obozie i Kenji od razu szuka przyjaciółki. W końcu ratuje ją i oboje ukrywają się w jaskini. Varan chce ich stamtąd wygrzebać, jednak jego uwaga zostaje odwrócona świetlnymi bombami. Wspina się na pobliskie wzgórze i ujawnia patagia między kończynami, dzięki czemu może szybować w powietrzu.
Następnego dnia Varan kontynuuje swój pochód u wybrzeży Tokio, wciąż mając przewagę nad wojskiem. Japońskie Siły Samoobrony po przemyśleniu decydują wcielić swój nowy plan przy lotnisku Haneda. Polega na użyciu nowego rodzaju materiałów wybuchowych autorstwa dr Fujimury, które mają 20 razy większą siłę rażenia i wrzuceniu ich do środka Varana.