Lata 1990–2000 Zarządzeniem Ministra Transportu i Gospodarki Morskiej dotychczasowe 233 oddziały Państwowej Komunikacji Samochodowej zostały podzielone na 167 samodzielnych przedsiębiorstw państwowych, których organem założycielskim został Minister. Z dniem 1 czerwca 1990 roku utworzono Państwowe Przedsiębiorstwo Komunikacji Samochodowej w Jeleniej Górze.
W lata 90. PPKS Jelenia Góra wkroczyło zatrudniając 235 osób. Poza wycofaniem Jelczy RTO, tabor wzbogaciły pierwsze autobusy marek zachodnioeuropejskich: Setra i Mercedes-Benz. Liczba pojazdów pozostała bez zmian.
Z powodu lawinowego wzrostu bezrobocia na skutek realizacji Planu Balcerowicza oraz rozwoju motoryzacji indywidualnej na liniach PPKS z całej Polski spadła liczba pasażerów. Pasażerów PPKS odbierali również prywatni przewoźnicy, których powstanie umożliwiła pełna deregulacja transportu samochodowego Ustawą Wilczka z 1989 roku. Przedsiębiorstwa PKS, przez lata funkcjonując dzięki otrzymywanym dotacjom zostali zmuszeni do kierowania się rachunkiem ekonomicznym. W ciągu dekady na istniejących od lat liniach komunikacyjnych o największej rentowności żywiołowo rozwinęli się przedsiębiorcy dysponujących mniejszym i nowocześniejszym taborem niż PKS, którzy z czasem zaczęli skutecznie ubiegać się o dotacje do stosowanych biletów ulgowych.