Ministerstwo Transportu i Gospodarki Morskiej w październiku 1996 roku przekazało kompetencje organu założycielskiego przedsiębiorstw PKS wojewodom. Wobec niekorzystnej sytuacji ekonomicznej przedsiębiorstwa zagrażającej bankructwem, jeszcze w 1996 roku wojewoda jeleniogórski powołał w PPKS zarząd komisaryczny. Nowy zarząd zmienił strategię, nabywając nowe pojazdy produkcji krajowej oraz sprowadzając używane autokary turystyczne o wysokim standardzie poprzednio eksploatowane na terenie Niemiec. Zorganizowano dział marketingu i zezygnowano z nierentownego połączenia dalekobieżnego do Warszawy, w zamian uruchamiając linię do Wrocławia, w odpowiedzi na likwidację części połączeń przez PKP. Załoga przedsiębiorstwa na koniec lat 90. liczyła 180 osób, a tabor autobusowy – 78 pojazdów. Przy sprowadzaniu autokarów z zagranicy preferowano marki Neoplan i Bova. Na terenie dworca autobusowego postawiono nową, kontenerową stację paliw oraz uruchomiono myjnię.