W trakcie przemian restauracji Meiji w 1869 r. nowy rząd utworzył Urząd ds. Rozwoju, zwany też Urzędem ds. Kolonizacji (Kaitakushi), który m.in. zajmował się asymilacją Ajnów. W 1871 r. zabroniono ajnoskim kobietom noszenia kolczyków, tatuowania się oraz tradycyjnego palenia domu zmarłego. W 1873 roku rząd zabronił tradycyjnych ajnoskich metod połowu ryb, a w 1876 tradycyjnych metod polowań. W 1877 pozbawiono Ajnów prawa do ziemi. Od 1878 roku byli oficjalnie nazywani i japońscy uczeni uznali ich za wymierającą rasę.
W 1946 roku powstało Stowarzyszenie Ajnów Hokkaido. Jego celem było odzyskanie ziem nadanych im w 1899 roku w „Ustawie o ochronie dawnych autochtonów Hokkaido”, których pozbawiono ich w powojennej reformie agrarnej. Rząd odrzucił ich żądania.
W latach 50. XX wieku japoński rząd przesłał do sekretariatu ONZ dwa raporty, w których zapewniał, że proces asymilacji został w pełni zakończony i Japonia jest krajem mono-etnicznym. W tamtych czasach prawie każdy Japończyk był przekonany, że Ajnowie i ich kultura pozostali już jedynie w muzeach.