Karol Balley był jednym z kapłanów, którzy odmówiwszy złożenia przysięgi w ukryciu pełnili swoją posługę w prowincji Lyońskiej. Kapłani ci potajemnie odprawiali msze, udzielali sakramentów i odprawiali dla dzieci rekolekcje. Ryzykowali życiem, gdyż zgodnie z obowiązującym prawem: kapłan, odmawiający złożenia przysięgi miał zostać aresztowany i stracony na gilotynie w ciągu doby. Z kolei osoba udzielająca mu schronienia miała zostać zesłana do GujanyFrancis Trochu Proboszcz z Ars. Wyd. Dębogóra, 2009. Str. 26.
Niektórzy z kapłanów, dla zachowania ostrożności wyuczyli się nawet rzemiosł. Ksiądz Balley został stolarzemFrancis Trochu Proboszcz z Ars. Wyd. Dębogóra, 2009. Str. 34.
W listopadzie 1799 roku Napoleon Bonaparte przejął władzę we Francji. 16 lipca 1801 roku podpisał konkordat z papieżem, przywracający swobodę kultu religijnego. Kościoły zamknięte w czasie rewolucji zostały otwarte, a wygnani księża z wolna wracali do swoich parafii.
W 1803 roku Karol Balley został decyzją biskupa powołany na stanowisko proboszcza w Écully. W 1805 roku założył szkołę parafialną. Jego celem było wynajdowanie powołań kapłańskich i szkolenie kandydatów.