Wkrótce Federalny Trybunał Konstytucyjny wydał wyrok, w którym stwierdził, że zakaz protestów wydany przez władze samorządowe był niekonstytucyjny. Pomimo protestów wiosną 1981 r. wznowiono budowę reaktora.
Po katastrofie w Czarnobylu w 1986 r. w Niemczech odbyły się dwie masowe demonstracje: jedna przeciwko budowie zakładu przetwórstwa paliwa jądrowego w Wackersdorf, a druga przeciwko budowie elektrowni Brokdorf. Obie zostały zakazane, mimo to tysiące ludzi protestowało na ulicach Hamburga. Wystąpienia zostały stłumione siłą przez policję. Pomimo to 8 października 1986 r. uruchomiono elektrownię jądrową Brokdorf jako pierwszą na świecie po katastrofie w Czarnobylu.
Jesienią 2010 r. Bundestag postanowił zgodnie z planem odchodzenia Niemiec od energetyki atomowej, że wyłączenie elektrowni Brokdorf ma nastąpić do 2036 r. Po katastrofie elektrowni atomowej w Fukishimie w 2011 r. zmieniono tę datę na 2021 r. Zgodnie z planem elektrownia została wyłączona 31 grudnia 2021 roku.