Matka artysty zmarła 22 listopada 1564 roku. Luigi przeniósł się wówczas do swojego wuja, Giovanniego Battisty. Poznał wówczas Caterinę, pokojówkę, z którą zawarł związek małżeński 18 marca 1850 roku. Parze urodziło się dwoje dzieci: Giovanni Battista i Domenica (1572 i 1579).
W 1565 roku został mianowany prezesem nowo założonej Akademii Illustrati (l'Accademia degli Illustrati) w Adrii. Grupę tę tworzyli: arcybiskup Iacopo Maistri, kanonik Girolamo Colla i Pier Martire Colla, madrygaliści i poeci. W 1567 roku postawiono go przed sądem w Rovigo w procesie o herezję. Został uznany winnym przeczytania zakazanych wówczas tekstów Erazma z Rotterdamu, Henryka Korneliusza Agryppy, Bernardino Ochino. Musiał publicznie wyrazić żal, skruchę i przyjąć karę - zakaz nauczania.
W 1585 przekazano mu kierownictwo nad katedrą filozofii w Rialto, w Wenecji.
Zmarł tuż po powrocie z teatru, w którym grał rolę ślepego króla Edypa.
W 1623 Filippo Bonaffino umieścił kompozycje do niektórych utworów poetyckich Groto w swoich opublikowanych madrygałach.
Wybór dzieł mały|Luigi Groto - Jacopo Robusti Tintoretto