Początkowo, w myśl opracowanych jeszcze przed wojną planów, NKWD zamierzało wywieźć w głąb kraju wszystkich więźniów przetrzymywanych w strefie działań wojennych. Wkrótce po rozpoczęciu niemieckiej inwazji zastępca ludowego komisarza spraw wewnętrznych ZSRR Wasilij Czernyszow zatwierdził plany ewakuacji więzień w zachodnich republikach ZSRR. Spośród 5,9 tys. więźniów przetrzymywanych na terenie Litewskiej SRR planowano wywieźć na wschód 4 tys. osób.
Brak odpowiedniej liczby wagonów kolejowych, chaos pierwszych dni wojny i szybkie postępy wojsk niemieckich uczyniły ewakuację więźniów niewykonalną. Władze sowieckie były jednak zdecydowane nie dopuścić, aby „wrogowie ludu” zostali uwolnieni przez Niemców. 24 czerwca 1941 ludowy komisarz spraw wewnętrznych Ławrientij Beria skierował tajny telegram do obwodowych urzędów NKGB, zawierający rozkaz rozstrzelania wszystkich więźniów politycznych przetrzymywanych w zachodnich obwodach ZSRR, których ewakuacja w głąb kraju była niemożliwa.
Terytorium Litewskiej SRR bardzo szybko zostało opanowane przez wojska niemieckie.