22 czerwca 1941 roku nazistowskie Niemcy dokonały inwazji na Związek Radziecki. Pierwsze tygodnie wojny miały bardzo pomyślny przebieg dla strony niemieckiej. Dywizjom Wehrmachtu udało się bowiem rozbić wojska nadgranicznych okręgów wojskowych ZSRR, a następnie wedrzeć się w głąb sowieckiego terytorium. Wobec szybkich postępów niemieckiego natarcia NKWD przystąpiło do ewakuacji i likwidacji więźniów politycznych przetrzymywanych w strefie działań wojennych. Latem 1941 roku w więzieniach i aresztach na Kresach Wschodnich zamordowano od 20 tys. do 30 tys. osób.
Ewakuacja więzień wileńskich Według danych zawartych w dokumencie pt. Informacja o liczbie więźniów w więzieniach NKWD Litewskiej SRR według stanu na 10 czerwca 1941 r. w obu wileńskich więzieniach przetrzymywano łącznie 2371 osób, z czego 1112 wciąż znajdowało się w śledztwie. Inny dokument NKWD z tego okresu informuje natomiast, że liczba więźniów na dzień 10 czerwca 1941 roku wynosiła 2347 osób. Prawdopodobnie liczba osadzonych była jednak większa. 14 czerwca 1941 roku Sowieci przeprowadzili bowiem na Wileńszczyźnie masową akcję deportacyjną. W jej wyniku wywieziono z Wilna prawie 7,6 tys.