Zapewne krótko po śmierci księżnej Salomei zrodził się na krakowskim dworze pomysł wzniesienia rodowego mauzoleum, w którym, obok kreowanej na przyszłą świętą księżnej Salomei, w przyszłości miał być pochowany książę Bolesław Wstydliwy i jego żona Kinga.
Zakończenie budowy dostawionego do części krzyżowej korpusu świątyni franciszkańskiej wyznacza się na koniec XIII lub na początek XIV wieku, o czym ma świadczyć maswerk w skrajnym, zachodnim oknie ściany południowejAndrzej Grzybkowski, Centralne gotyckie jednonawowe kościoły krzyżowe w Polsce. Forma a znaczenie, Kwartalnik Architektury i Urbanistyki, T. 37: 1992, z. 2, s. 101.. W 1. połowie XV wieku kościół znacznie rozbudowano: przedłużono prezbiterium (1401) o dwa przęsła i zamknięto je trójboczną apsydą, następnie przebudowano korpus kościoła (1420–1436), stawiając dwunawową, asymetryczną halę. Nawy zostały połączone arkadami. Węższą, północna nawa otrzymała wezwanie Bożego Ciała (obecnie jest to Kaplica Męki Pańskiej). Przy północnej ścianie przedłużonego prezbiterium wzniesiono kaplicę cechu cieśli i murarzy (od 1673 roku pod wezwaniem bł. Salomei). Tak rozbudowaną świątynię ponownie konsekrował w 1436 kardynał Zbigniew Oleśnicki. W 1462 roku świątynię strawił pożar, w 1465 zawaliła się wieża, a w 1476 miał miejsce kolejny pożar. W 1563 r.