zburzono mur otaczający dawny przykościelny cmentarzMarek Żukow-Karczewski, Nie istniejące budowle Krakowa. Dzwonnica kościoła Franciszkanów, „Echo Krakowa”, 236 (13548) 1991.. Największe nieszczęście dla kościoła stanowił pożar w 1850 roku. Spłonęła wtedy znaczna część świątyni. Zaraz po pożarze przystąpiono do restauracji kościoła. Pracami tymi zajmowali się Teofil Żebrawski i Antoni Stacherski pod kierunkiem Karola Kremera. Pod koniec XIX wieku prace restauracyjne prowadzili Władysław Ekielski (w prezbiterium) i Karol Knaus (w nawie głównej). Między innymi dostawiono do gotyckiego transeptu od północy neogotycką parterową kruchtę.
Tytuł bazyliki został nadany dzięki staraniom o. Mariana Sobolewskiego.
Kościół znajduje się na trasie Małopolskiej Drogi św. Jakuba z Sandomierza do Tyńca.
Architektura W obecnym kształcie kościół franciszkanów jest budowlą ceglaną orientowaną. Składa się z prezbiterium, transeptu i nawy oraz 3 kaplic.