Nawa główna Na ścianach nawy głównej znajdują się polichromie wykonane przez Tadeusza Popiela (w tym cztery figuralne na ścianie północnej obrazujące sceny z życia św. Franciszka: Modlitwa u stóp krzyża, Stygmatyzacja, Śmierć św. Franciszka i Niebieska chwała św. Franciszka), oraz obrazy Władysława Rossowskiego ukazujące śluby zakonne Kingi i Jolanty oraz Chrzest Litwy. Między pilastrami, na konsolach posągi św. Bazylego, św. Augustyna, św. Benedykta, św. Dominika i św. Franciszka wyrzeźbione przez Stanisława Wójcika. Znajdują się tam również późnobarokowe ołtarze przeniesione ze zburzonego kościoła św. Michała (dwa z nich zaprojektowane najprawdopodobniej przez Franciszka Placidiego). W zachodnim oknie, nad chórem znajduje się witraż Wyspiańskiego Bóg Ojciec – Stań się (umieszczony w 1904).
Transept Sklepienie żebrowo-krzyżowe zrekonstruowane po pożarze w 1850 roku. Polichromie autorstwa S. Wyspiańskiego. W ramieniu północnym transeptu epitafium Piotra Kochanowskiego (autorstwa Oskara Sosnowskiego), w ramieniu południowym epitafium Wincentego Pola, popiersie Jana Kochanowskiego oraz barokowy krucyfiks z XVII wieku.
Upamiętnienia W kościele poprzez epitafia zostali upamiętnieni także franciszkanie: o. Samuel Rajss, o.