20 listopada przekroczył równik, a 6 grudnia załoga zobaczyła brzegi Brazylii.

Brazylia była w owym czasie terytorium portugalskim, Magellan podjął jednak ryzyko i 13 grudnia stanął na kotwicy w pobliżu dzisiejszego Rio de Janeiro, gdzie panowała dobra pogoda, a tubylcy byli przyjaźnie nastawieni. Flota uzupełniła zapasy, ale nieprzychylne warunki spowodowały, że wypłynięto z opóźnieniem. Następnie pożeglowano wzdłuż wybrzeża Ameryki Południowej, zatrzymując się 10 stycznia 1520 roku nad Río de la Plata. Wyprawa spędziła parę miesięcy szukając przejścia na morza po drugiej stronie lądu amerykańskiego. Płynęli wzdłuż Patagonii, na której wybrzeżu Magellan zdecydował się przeczekać zimę. 31 marca załoga założyła osadę, którą nazwano Puerto San Julian (port Św. Juliana). Wybuchł wtedy bunt, w którym wzięło udział trzech spośród pięciu kapitanów statków, jednak nieudany, gdyż załogi pozostały w dużej części lojalne. Quesada i Mendoza zostali straceni, a Cartagena i kapelan wyprawy zostali wysadzeni na brzeg. thumb|Cieśnina Magellana na starej mapie 24 sierpnia podróż została podjęta i „Santiago” został wysłany drogami wodnymi w głąb lądu w misji zwiadowczej, ale rozbił się w drodze powrotnej. Tylko dwóch marynarzy wróciło drogą lądową, aby powiadomić Magellana, co się stało.