W przededniu II wojny światowej, 23 lipca 1939 roku został wyznaczony dowódcą Morskiej Brygady Obrony Narodowej i p.o. dowódcą Lądowej Obrony Wybrzeża. Jako osoba o wielkiej pracowitości i dużej inwencji organizacyjnej podjął aktywne prace nad umocnieniem pozycji obronnych i wzmocnieniem uzbrojenia podległych mu jednostek. W wyniku jego działalności stan liczebny polskich oddziałów w rejonie Gdyni wzrósł z 5 tys. do 15-18 tys. ludzi. Postawione LOW zadania przewidywały utrzymanie przez 3 dni przedpola Gdyni, a następnie 7-dniową obronę Kępy Oksywskiej jako ostatniego bastionu obrony. Podczas kampanii wrześniowej płk Dąbek dowodził aktywnie całością sił lądowych zgromadzonych wokół Gdyni, organizując wypady zaczepne. W nocy 1/2 i 3/4 września zaatakował nieprzyjaciela w rejonie Gdynia-Kolibki-Osowa, usuwając jego nacisk z kierunku południowego, a 6/7 i 7/8 września zarządził atak na osi Nowy Dwór Wejherowski – Wejherowo. Planowane na 12 września przeciwnatarcie 3 batalionów na osi Zagórze – Reda, mające na celu odrzucenie sił nieprzyjaciela na północ i rozdzielenie jego sił, na skutek błędów w realizacji postawionych zadań zakończyły się fiaskiem. Wobec przeważających sił Wehrmachtu i odcięcia wojsk polskich na Wybrzeżu od pozostałej części kraju Dąbek podjął decyzję o ewakuacji pozostałych w jego ręku sił (9-10 tys.