nauczycielem oraz uzyskał specjalizacje I i II stopnia z interny i gastroenterologii. Doktoryzował się w 1973, habilitację uzyskał w 1982. Tytuł profesora nauk medycznych nadano mu w 1990 roku. Osiem lat później został komendantem-rektorem macierzystej uczelni. Okres sprawowania przez niego tej funkcji przyniósł między innymi otwarcie nowych kierunków studiów na uczelni oraz rozpoczęcie przyjmowania kobiet na studia oficerskie.
W 2001 roku minister obrony narodowej Bronisław Komorowski zawiesił pułkownika Chojnackiego w czynnościach służbowych. Powodem podjęcia tej decyzji były nieścisłości dotyczące budowy Centrum Kliniczno-Dydaktycznego WAM i wątpliwości co do zasad, na jakich akademia współpracowała z "Fundacją WAM" założoną przez profesora Chojnackiego.
Na początku 2002 roku na stanowisku komendanta-rektora WAM zastąpił go Krzysztof Zeman.
Odznaczenia i wyróżnienia Jan Chojnacki został uhonorowany między innymi: