Po zakończeniu wojny rozpoczął pracę w ministerstwie wojny, w którym w latach 1886–1894 kierował kancelarią. W 1894 powrócił do służby liniowej. W stopniu podpułkownika objął dowództwo 9 pułku piechoty, a następnie 5 brygady piechoty, działającej w ramach 2 dywizji. W latach 1905–1909 dowodził 4 Dywizją Piechoty, a następnie 2 Dywizją Piechoty.
Po wybuchu I wojny bałkańskiej Kowaczew nadal pełnił funkcję dowódcy 2 Dywizji Piechoty i dowodził ofensywą z Płowdiwu w kierunku Tracji Zachodniej. Po zwycięstwie objął dowództwo 4 Armii i walczył w bitwie pod Bulair i Sharkoi.
W czerwcu 1913, w przededniu wybuchu II wojny bałkańskiej Kowaczew objął stanowisko ministra wojny w gabinecie Stojana Danewa. Z uwagi na sytuację na froncie podał się do dymisji i wziął udział w bitwie nad Bregałnicą. W czasie bitwy wydał rozkaz odwrotu, bez zgody naczelnego dowództwa, za co został odsunięty od dowodzenia armią.
W czasie I wojny światowej awansowany na stopień generała porucznika, pracował w sztabie 2 dywizji piechoty. W 1918 został zwolniony z wojska, zmarł w 1939 w Sofii.
Był żonaty (żona Anna z d.