Na terenie Mazurskiego Parku Krajobrazowego znajduje się największe w Polsce jezioro Śniardwy o powierzchni 11 416 ha (wraz z jeziorami Kaczerajno i Seksty). Inne większe jeziora to: Bełdany (940,6 ha), Mokre (814,78 ha), Łuknajno (692,3 ha), Mikołajskie (498 ha), Warnołty (465 ha) i Zdróżno (252,3 ha). W dorzeczu Krutyni znajduje się ponad 20 małych, śródleśnych jeziorek dystroficznych.
W skład Parku wchodzi północna część Puszczy Piskiej z rzeką Krutynią.
W przyszłości planowane jest na części Mazurskiego Parku Krajobrazowego utworzenie parku narodowego.
Fauna Do zwierzęcych unikatów parku należy zaliczyć kiełża (Pallasea quadrispinosa) – skorupiaka, uznanego za morski relikt polodowcowy, rzadkie odmiany gąbek (m.in. Euspongilla lacustris) spotykane w jeziorze Bełdany i rzece Krutyni oraz przedstawiciela epoki przedlodowcowej żółwia błotnego. Atrakcją są również koniki polskie, które przebywają w Popielnie, niedaleko Rucianego-Nidy.