Pojawienie się tego ostrego okrzyku sprawia, że stają się czujne i wypatrują ewentualnego niebezpieczeństwa.
Zachowanie Lot na dłuższych dystansach raczej powolny, ciężki, trzepoczący, nierównomierny, wydaje się nieporadny i chwiejny; natomiast w lesie potrafi latać dość szybko i zwinnie. Dość skryta, widywana częściej dopiero poza sezonem lęgowym, kiedy to nie jest już tak ostrożna i w poszukiwaniu pokarmu może zapuścić się na otwarty teren. Jest ruchliwa i często przelatuje pomiędzy gałęziami. Często wylatuje nagle z gniazda i straszy drapieżnika głośnym skrzeczeniem. Służy to temu, aby drapieżnik nie powracał w stronę gniazda.
Jesienią jest bardzo aktywna, gromadzi wtedy zapasy jedzenia na zimę, głównie żołędzi. Sójki mogą się wtedy łączyć w stadka rodzinne lub większe, składające się głównie z młodych ptaków, i przemieszczać na mniejsze lub większe odległości (średnio ok. 600 km). W piękne, słoneczne jesienne dni można czasem zaobserwować wędrówki północnych osobników na południe. Wtedy na niebie widać jedną sójkę lecącą za drugą, które, choć lecą pojedynczo, pozostają w zasięgu wzroku. Zdarza się, że widząc miejscowe osobniki zatrzymują się w danym miejscu na odpoczynek i by zaspokoić głód w lasach bukowych i dębowych (o tej porze owoce tych drzew są jej głównym pokarmem).