W reakcji na odezwę zawodników Gamper postanowił odbudować zespół przy pomocy zarządu. Jedną z jego idei było sprowadzenie z powrotem byłych członków klubu: w efekcie było ich ponad dwustu. Powstał zespół, który w sezonie 1908-1909 zdobył Mistrzostwo Katalonii. Ostatnim osiągnięciem Gampera podczas pierwszej kadencji był zakup terenów od Carrer Indústria i wybudowanie własnego stadionu.
Konflikt z Hiszpańską i Katalońską Federacją piłkarską 14 października 1909 roku, po 322 dniach kierowania klubem, Gamper zakończył kadencję, lecz zdecydował się na pozostanie w zarządzie. 17 listopada 1910 roku, podczas zebrania zarządu, jego członkowie wybrali Gampera ponownie na prezesa klubu. Jego druga kadencja trwała do 30 czerwca 1913 roku. Podczas sezonu 1910-1911 Gamper musiał nie tylko zmagać się z wewnętrznymi problemami Barcelony, lecz także z niechęcią hiszpańskiej federacji piłkarskiej do katalońskiego klubu. Następny sezon był także bardzo kontrowersyjny, a podczas posiedzenia zarządu, Gamper był znów bliski ustąpienia ze stanowiska prezesa FC Barcelona, na co się jednak nie zdecydował. Zespół zdobył Mistrzostwo Hiszpanii oraz Puchar Pirenejów. W latach 1912–1913 konflikt z Hiszpańską i Katalońską Federacją osiągnęły szczyt: zniewagi ze strony obu Federacji zmusiły FC Barcelonę do opuszczenia związku.