Gestapo zdemaskowało tę korespondencję jako fałszerstwo, a Bormann wyznaczył nagrodę 100 tysięcy marek za informacje na temat jej »prawdziwego autora«”..
Po jego śmierci thumb|200px|Grób Wernera Möldersa na Cmentarzu Inwalidów w Berlinie Po śmierci, na jego cześć, nadano pułkowi JG 51 honorowe imię „Mölders”.
13 kwietnia 1968 ochrzczono imieniem „Mölders” niszczyciel D-186 należący do Niemieckiej Marynarki Wojennej, który znajdował się w czynnej służbie w latach 1969-2003. Od 24 czerwca 2005 stanowi on główną atrakcję w Muzeum Marynarki w Wilhelmshaven.
9 listopada 1972 imię „Mölders” zostało nadane koszarom batalionu z 34 pułku łączności w Visselhövede.
W 1973 nadano imię „Mölders” 74 pułkowi myśliwskiemu.
Odznaczenia Krzyż Rycerski Krzyża Żelaznego z Liśćmi Dębu, Mieczami i Brylantami Krzyż Rycerski – 29 maja 1940 Liście Dębu (nr 2) – 21 września 1940 Miecze (nr 2) – 22 czerwca 1941 Brylanty (nr 1) – 15 lipca 1941 Krzyż Żelazny I Klasy – 2 kwietnia 1940 Krzyż Żelazny II Klasy – 20 września 1939 Czarna Odznaka za Rany Odznaka za 4 lata Służby w Luftwaffe Złoty Krzyż Hiszpanii z Mieczami i Brylantami – 6 lipca 1939 Złota odznaka pilota frontowego Luftwaffe z Brylantami Złota odznaka pilota-obserwatora Luftwaffe z Brylantami – sierpień 1940 Medalla Militar – Hiszpania;