Władze niemieckie ograniczyły programy nauczania, zaniżając poziom osiąganej wiedzy. Szkoła z polecenia władz miała zająć się hodowlą rośliny kauczukodajnej, jedwabnika, sadzeniem drzew owocowych i zbiórką ziół leczniczych. 5 stycznia 1942 roku przerwano zajęcia lekcyjne z powodu epidemii tyfusu plamistego.
20 lipca 1942 roku o czwartej po południu, zgromadzeni wcześniej na baranowskim rynku, miejscowi Żydzi (w tym wielu dawnych uczniów baranowskiej szkoły) opuścili miasteczko. Wszyscy młodzi i starsi, kobiety, mężczyźni i dzieci zostali zmuszeni do opuszczenia miasta z niewielkimi tobołkami; udali się w stronę stacji kolejowej w Skopaniu. Stamtąd odjechali w wagonach bydlęcych na śmierć do Oświęcimia i Pustkowa.
W 1944 roku w szkole stacjonował pułk lotniczy Armii Radzieckiej. W czasie nocy z 6 na 7 sierpnia miejsce miało intensywne bombardowanie Baranowa Sandomierskiego. Przeszło 50 bombowców niemieckich, oświetliwszy wcześniej miasto rakietami, nieprzerwanie bombardowało Baranów i okolice od 9 wieczorem do 5 rano. Zniszczeniu uległy znaczne połacie miasta, najbardziej jego południowa część. W czasie nalotu ucierpiała także szkoła i jej otoczenie: zrujnowano sale lekcyjne, wybito szyby, uszkodzono dach i ogrodzenie szkoły.