Obecny kościół mały|left|240px|Kościół na rycinie Giovanniego Lorenza Guidottiego z 1773 Obecny kościół San Pietro in Banchi został wzniesiony w latach 1572–1585 u zbiegu dróg Soziglia-Luccoli i San Luca, w pobliżu murów z IX wieku i powyżej rzeki „Ripa Maris”. Piazza Banchi był już w XII wieku jednym z trzech dużych rynków miasta, funkcjonującym jako rynek zbożowy, a następnym stuleciu jako „plac bankierów”. Senat Republiki Genui zarządził budowę kościoła pod wezwaniem Maryi Niepokalanej (Maria Immacolata), jako wotum za ustąpienie straszliwej zarazy, ale zachował on swoje poprzednie wezwanie dla podkreślenia ciągłości historycznej. Aby zdobyć środki na budowę, zdecydowano się na oryginalne rozwiązanie architektoniczne, polegające na wzniesieniu kościoła na pomieszczeniach służących jako sklepy, który można było sprzedać lub wynająć. Budowa kościoła wpisywała się w ówczesny projekt przebudowy reprezentacyjnych przestrzeni publicznych miasta, takich jak: Piazza Banchi – centrum handlowe i Palazzo Ducale – siedziba rządu. Kościół zaprojektował w 1572 roku Bernardino Cantone. Został on ukończony około roku 1585 przez Andreę Ceresolę i Giovanniego Ponsello.