Pierwszy w tym miejscu kościół, początkowo pod wezwaniem św. Wawrzyńca, ceglano-kamienny w stylu romańskim, powstał prawdopodobnie jeszcze na początku XIII w., a w 1253 przekazany przez Henryka III krzyżowcom z czerwoną gwiazdą jako kościół klasztorny. 31 marca 1252 wymieniono po raz pierwszy parafię św. Elżbiety, a 19 listopada 1257 kościół został konsekrowany już pod imieniem św. Elżbiety przez biskupa Tomasza I, aczkolwiek nadal używano równolegle wezwania św. Wawrzyńca, przeniesionego po 1387 na ołtarz główny oraz wieżę kościelną, której budowę rozpoczęto przed 1339.
Trójnawowa bazylika ufundowana przez Bolesława III Rozrzutnego powstała na początku XIV wieku w stylu gotyku redukcyjnego. W latach 1309–1318 wzniesiono zachodnie przęsło naw, w 1340 ukończona była nawa, w 1384 kaplica pw. Najświętszej Maryi Panny (budowniczy Otto z Nysy), a w 1387 prezbiterium. Służył jako kościół farny wrocławskiego patrycjatu i wyrażał jego ambicje, konkurując wielkością z biskupią katedrą św. Jana.