Stacja została zaprojektowana przez Mariano Santamaríę i została zbudowana w latach 1913–1917 przez angielskiego inżyniera Williama Lidstone'a. Koszt budowy wyniósł 750 000 ówczesnych złotych pesos. Wystrojem i detalem zajął się szwajcarski rzeźbiarz Colombo Ramelli. Budynek ten zastąpił stary dworzec wybudowany w 1887 na inaugurację linii kolejowej między Bogotą a Facatativą. Sabana stała się stacją centralną wszystkich linii prowadzących do Bogoty.
W 1953 sieć Ferrocarril de la Sabana obejmowała kolej zachodnią z sześcioma stacjami, południową z pięcioma, północną z czterema, północno-wschodnią z ośmioma i wschodnią z jedną stacją. W tym czasie sieć miała największą długość, która wynosiła około 200 km.
W 1954 wnętrza gruntownie przebudowano, m.in. zacierając elementy dekoracyjne. Dobudowano wówczas dwie kondygnacje i zmieniono elewację. Zachowano jedynie oryginalny projekt lobby. W latach późniejszych rozebrano skrzydło wschodnie.
Upadek i reaktywacja Budynek został uznany za zabytek narodowy na mocy dekretu 2390 z dnia 26 września 1984 ze względu na jej znaczenie historyczne i