Od 1986 do 1989 zajmował stanowisko ambasadora Holandii w Turcji. Następnie do 1992 pełnił funkcję sekretarza generalnego ministerstwa spraw zagranicznych. W 1992 został mianowany stałym przedstawicielem Holandii (w randze ambasadora) przy Unii Europejskiej w Brukseli. Sprawował tę funkcję przez ponad dziesięć lat do końca 2002. Następnie odszedł z dyplomacji, zostając partnerem w przedsiębiorstwie konsultingowym.
Członek Apelu Chrześcijańsko-Demokratycznego. 3 grudnia 2003, po wyborze Jaapa de Hoop Scheffera na stanowisko sekretarza generalnego NATO, Ben Bot został powołany na urząd ministra spraw zagranicznych w drugim rządzie premiera Jana Petera Balkenende. Pełnił tę funkcję do 22 lutego 2007, kiedy to nowym ministrem w kolejnym gabinecie został Maxime Verhagen. Od 4 do 31 grudnia 2003 był też przewodniczącym OBWE. Po odejściu z rządu powrócił do działalności w branży doradczej.
Odznaczenia Kawaler Orderu Lwa Niderlandzkiego (Holandia, 1993) Oficer Orderu Oranje-Nassau (Holandia, 1985) Krzyż Komandorski Order Zasługi RP (Polska, 2012)Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 24 stycznia 2012 r.