Następnie przedostał się do Francji, a w czerwcu 1940 roku do Anglii. Do końca wojny pełnił służbę w Polskich Siłach Zbrojnych na Zachodzie m.in. jako komendant polskiego garnizonu w Perth. Tłumaczył również na potrzeby armii polskiej brytyjskie regulaminy wojskowe. Po wojnie pozostał na emigracji; osiadł w szkockim mieście Edynburg, gdzie zamieszkał przy Torphin Road, a pracował jako ogrodnik. W 1964 roku Naczelny Wódz generał broni Władysław Anders awansował go na pułkownika.

Pajączkowski działał w środowiskach emigracyjnych, był m.in. jednym z założycieli Koła Wiedzy Wojskowej. W 1993 roku przeprowadził się do miasta Sedbergh (Cumbria). W 1994 zadeklarował uczestnictwo w działalności Towarzystwa Rozwoju i Upiększania Miasta Sanoka jako członek wspierający. Został członkiem honorowym Towarzystwa Przyjaciół Sanoka i Ziemi Sanockiej. Ostatnie lata życia spędził w domu opieki w Grange-over-Sands.