Behrens-Abouseif, Islamic architecture in Cairo: an introduction, Lejda, Nowy Jork, Kolonia 1992, s. 58.. Miał to być główny oraz pierwszy meczet przeznaczony na modlitwy piątkowe w mieście.
Początkowo nazywano go meczetem al-Mansurijja. Swoją nazwę wziął od wcześniejszej nazwy Kairu, która pochodzi od poprzedniego władcy fatymidzkiego – al-Mansura. Za panowania al-Mu’izza nazwę miasta zmieniono na al-Kahira (Kair), a meczet mianowano na meczet al-Kahira, tzn. „Meczet Kairski”. Następnie zmodyfikowano nazwę do tej, którą znamy obecnie.
Uruchomiono w nim medresę. W meczecie zaczęto głosić islam szyicki ismailicki oraz zaczęto jej nauczać w pobliskim uniwersytecie. Za czasów panowania Ajjubidów i sułtana Saladyna zakazano modlitw piątkowych w al-Azhar na rzecz tych w meczecie al-Hakima. Powodem był szafi’icki zwyczaj, który głosił, że modlitwy piątkowe mogą odbywać się tylko jednym meczecie w mieście. Ponadto meczet al-Hakima był znacznie większy od al-Azhar. Następnie w 1266 roku pod panowaniem Mameluków wznowiono modlitwy piątkoweD. Behrens-Abouseif, Islamic architecture in Cairo: an introduction, Lejda, Nowy Jork, Kolonia 1992, s. 60.. Ponadto rozbudowano meczet o trzy dodatkowe medresy. Nauczano w nich teologii i prawa muzułmańskiego.