Od 2000 do 2010 był profesorem międzynarodowej ekonomii politycznej i dyrektorem międzynarodowego programu rozwoju w Paul H. Nitze School of Advanced International Studies na Uniwersytecie Johnsa Hopkinsa. Był też wicedyrektorem Zespołu Planowania Politycznego Departamentu Stanu USA, wieloletnim współpracownikiem RAND Corporation (członkiem zespołu konsultantów) oraz profesorem George Mason University w Waszyngtonie.
Obecnie jest profesorem na Uniwersytecie Stanforda w Kalifornii„Francis Fukuyama”. Stanford Freeman Spogli Institute for International Studies https://fsi.stanford.edu/people/fukuyama/ [dostęp 2021-01-03].https://news.stanford.edu/thedish/2019/07/21/francis-fukuyama-to-lead-the-ford-dorsey-masters-in-international-policy-program/ [dostęp 2021-01-03].. W 2025 otrzymał dyplom doktora honoris causa Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.
Życie prywatne Jest mężem Laury Holmgren, z którą ma trójkę dzieci (Julia, David i John). Mieszka z rodziną na przedmieściu Waszyngtonu.