Brał udział w wyzwalaniu Warszawy w styczniu 1945.

Od lutego 1946 był członkiem Polskiej Partii Robotniczej. W tym samym roku podjął pracę w Zarządzie Głównym Związku Samopomocy Chłopskiej, gdzie kierował wydziałem oświaty rolniczej. Na przełomie 1947 i 1948 pracował w Ministerstwie Rolnictwa i Reform Rolnych. Ukończył studia w Szkole Partyjnej przy Komitecie Centralnym PPR (potem Polskiej Zjednoczonej Partii Robotniczej, do której Marian Gotowiec należał od jej powstania w grudniu 1948) i w 1949 objął katedrę ekonomii politycznej w Wyższej Szkole Gospodarstwa Wiejskiego w Cieszynie, został również rektorem tej uczelni. Po przeniesieniu szkoły do Olsztyna został w październiku 1950 powołany na pierwszego rektora Wyższej Szkoły Rolniczej (późniejszej Akademii Rolniczo-Technicznej). Zasłużył się dla organizacji olsztyńskiej uczelni.

W kwietniu 1953 został powołany na podsekretarza stanu w Ministerstwie Państwowych Gospodarstw Rolnych, kierowanym kolejno przez Hilarego Chełchowskiego, Stanisława Radkiewicza i Mieczysława Moczara. W listopadzie 1956 przeniesiono go do pracy w Centralnym Zarządzie Kółek Rolniczych.