W XIX wieku rozwój miasta zdynamizowało doprowadzenie kolei i odkrycie złóż kaolinu, co przyczyniło się do rozwoju przemysłu ceramicznego w mieście. Fabryka ceramiki Aloisa Klammertha od 1851 roku produkowała brązową ceramikę szkliwioną, białą ceramikę sanitarną i fajans. W latach 70. XIX wieku fabryka współpracowała z wiedeńskimi artystami ze Szkoły Sztuk Stosowanych. W Znojmie powstała też firma Ditmara, znana z produkcji ceramiki sanitarnej.
W 1900 roku w Znojmie mieszkało 14 584 Niemców i 2032 Czechów. Rozwój miasta został zahamowany przez I wojnę światową. W czasie rozpadu Austro-Węgier jesienią 1918 roku Znojmo stało się centrum separatystycznego regionu niemieckich Moraw Południowych, który odmówił przyłączenia się do nowo powstałej Czechosłowacji i powołując się na zadeklarowane przez prezydenta Woodrowa Wilsona prawo do samostanowienia, ogłosił przynależność do niemieckiej Austrii. Dopiero na skutek interwencji wojskowej 16 grudnia 1918 r. Znojmo i okolice zajęły wojska czechosłowackie. W okresie międzywojennym w Znojmie zaczęły zmieniać się stosunki narodowościowe poprzez zwiększenie osiedlającej się w nim populacji czeskiej. W 1945 roku został zbombardowany dworzec kolejowy w Znojmie i kilka ulic, a następnie miasto zajęły oddziały Armii Czerwonej.