Po rezygnacji dyrektora naukowego w 1997 roku zrezygnowano z tego stanowiska. Od tego czasu dyrekcja Collegium Polonicum składa się z dyrektora administracyjnego, właściwego dla Collegium Polonicum prorektora Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza oraz właściwego dla Collegium Polonicum wiceprezydenta Uniwersytetu Europejskiego Viadrina. Ta struktura została potwierdzona w umowie międzyministerialnej z 2002 roku, w której Komisja Mieszana została zlikwidowana i zastąpiona przez Komisję Stałą odpowiedzialną za Collegium Polonicum. Komisja ta składa się z rektora wzgl. prezydenta obu uczelni, kanclerzy i członków dyrekcji Collegium Polonicum.
Dyrekcja Collegium Polonicum
Dyrektor od 01.12.2022 Agnieszka Brończyk 15.10.1994 – 30.11.2022 dr Krzysztof Wojciechowski
Pełnomocnik Rektora ds. dydaktyki w Collegium Polonicum od 2023 dr hab. Justyna Krauze-Pierz, prof UAM do 08.08.2023 dr hab. Andrzej Pukacz, prof. UAM 1993–1997 prof. dr hab. Waldemar Pfeiffer
Wiceprezydent właściwy dla Collegium Polonicum ze strony Europejskiego Uniwersytetu Viadrina od 2024 – Prof. Dr. Eduard Mühle 2023-2024 prof. dr Dagmara Jajeśniak-Quast (do 1999 jako prorektor) 2017-2023 Janine Nuyken 2015–2017 prof. dr 2002–2015 Janine Nuyken 1997–2002 prof. dr