Na skutek dużej odmienności hoacynów od innych ptaków ich miejsce w systematyce jest trudne do jednoznacznego sklasyfikowania – rodzina Opisthocomidae bywała umieszczana w rzędzie kukułkowych (Cuculiformes) lub grzebiących (Galliformes). Od kukułkowych hoacyn różni się tym, że posiada 3 palce skierowane w przód i 1 skierowany w tył, podczas gdy u kukułkowych występuje zygodaktylia. Z przeprowadzonej w oparciu o dane molekularne analizy filogenetycznej opublikowanej przez Jarvisa i współpracowników (2014) wynika, że najbliższymi żyjącymi krewnymi hoacyna są żurawiowe (Gruiformes) i siewkowe (Charadriiformes); natomiast z analizy przeprowadzonej przez Pruma i współpracowników (2015) wynika, że hoacyn jest taksonem siostrzanym do kladu Telluraves obejmującego szponiaste, sowy, czepigi, kurole, trogony, dzioborożcowe, kraskowe, dzięciołowe, kariamy, sokołowe, papugowe i wróblowe. Według analizy Kuhla i współpracowników (2020) najbliższymi żyjącymi krewnymi hoacyna są lelkowe, tłuszczakowe, nocolotowe, paszczakowe, sownikowe i krótkonogie.