W 1749 artysta Antoine Favrè otrzymał kwotę 250 skudów za wykonanie pięciu obrazów do ośmiokątnej kaplicy seminaryjnej poświęconej Zwiastowaniu.
Seminarium pozostało w Mdinie do 1858, kiedy to biskup Gaetano Pace Forno, w ramach radykalnej reformy seminarium, przeniósł je do Floriany.
Po przeniesieniu seminarium budynek był wykorzystywany do różnych celów. Podczas wojny krymskiej brytyjskie wojsko używało budynku jako swojej kwatery głównej. Wówczas Brytyjczycy dodali większość górnego piętra (obecnie używanego przez administrację muzeum) poprzez dobudowanie dwóch oddzielnych skrzydeł. Brytyjczycy zbudowali również w budynku kominki, typowe dla brytyjskiego okresu wiktoriańskiego.
W 1912 budynek służył jako niezorganizowany magazyn. W tymże roku kapituła katedralna omawiała kwestię renowacji dwóch obrazów autorstwa Mattia Preti, które znaleziono zaniedbane w jednym z pomieszczeń byłego seminarium.
W 1913 Admiralicja brytyjska zajęła budynek, który użytkowała podczas I wojny światowej. W 1914 dobudowane zostało dodatkowe piętro na obecnej pinakotece.