w lipcu następnego roku został skazany na 17 lat pozbawienia wolności za udział w zabójstwie pięciu kosowskich Albańczyków, po dwóch latach wyrok uchylono. W wyniku wyborów parlamentarnych z 2007 roku ponownie został deputowanym z ramienia Demokratycznej Partii Kosowa.
W 2008 roku prokuratura EULEX oskarżyła Rrustema Mustafę o nielegalne pozbawianie wolności oraz torturowanie ludności albańskiej; proces rozpoczął się 25 marca następnego roku, oskarżony nie przyznał się do winy. Dnia 2 października tegoż roku został skazany na 4 lata pozbawienia wolności; 15 lutego 2010 roku Mustafa odwołał się od wyroku, który 26 stycznia 2011 został częściowo utrzymany w mocy: podtrzymano wyrok skazujący za zbrodnie wojenne, natomiast skierowano do ponownego rozpatrzenia sprawę o przetrzymywanie więźniów. Proces ten rozpoczął się w lipcu 2012, jednak został odroczony do 17 września tegoż roku.
7 czerwca 2013 roku ponownie został skazany przez Sąd Rejonowy w Prisztinie na karę 4 lat pozbawienia wolności, od której się odwołał.