księżna Anna z Radziwiłłów Kiszczyna zapisała dobra rajgrodzko - goniądzkie królowi Zygmuntowi Augustowi, który wyodrębnił z nich osobne starostwo goniądzkie, obejmujące 4 folwarki i 20 wsi. W 1579 roku król Stefan Batory ustanawił tu skład i warzelnię soli oraz port rzeczny, nakazując mieszkańcom województwa podlaskiego zaopatrywanie się w sól w żupie goniądzkiej, zabraniając sprowadzania soli morskiej (te przywileje uzyskał od króla starosta Jan Zamoyski, a skład działał aż do lat 70. XIX wieku).
Nie wiadomo, czy zamek był całkowicie drewniany, czy też posiadał jakieś budynki murowane. Całość zwana była Wielkim Dworcem Goniądzkim. W 1536 roku namiestnikiem zamku z ramienia Jana Mikołaja Radziwiłła był Stanisław Grajewski. W inwentarzu z 1571 r. napisano o położeniu zamku: Tuż u miasta, mało nie w mieście.... Inwentarz wspomina też o przygrodku położonym pod zamkiem nad rzeką. W inwentarzu z 1574 r. napisano, że zamek zbudowano w pobliżu rzeki Biebrzy. Zamek w XVI wieku był już stary, pokryty dachami gontowymi i miał cztery wieże. Między wieżami znajdowało się 89 tzw. horodni, które były budowanymi w zrąb drewnianymi obszernymi skrzyniami wypełnionymi ziemią, o które oparte była konstrukcja ścian zamku. Spośród nich 17 horodni nie było wypełnione ziemią, posiadały drzwi i służyły jako pomieszczenia magazynowe.