Różni się ona zasadniczo jedynie tym, że jest ona organizacją tajną, podziemną, niedostatecznie uzbrojoną.
Dekret Prezydenta RP z 1 września 1942 „O tymczasowej organizacji władz na ziemiach Rzeczypospolitej” (powtórzony ze zmianami 26 kwietnia 1944) stanowił, że do czasu przybycia na terytorium RP Naczelnego Wodza, jego uprawnienia przysługują Dowódcy Armii Krajowej. Dowodził on Siłami Zbrojnymi w okupowanej Polsce oraz kierował całością operacji wojskowych. Zgodnie z art. 13 Dekretu Prezydenta R.P. z 27 maja 1942 „O organizacji najwyższych władz wojskowych” dowódca AK dowodził Siłami Zbrojnymi w Kraju i kierował całością operacji wojskowych w Kraju.
Instytucją łącznikową pomiędzy Naczelnym Wodzem a Dowódcą Armii Krajowej stał się Oddział VI (Specjalny) Sztabu Naczelnego Wodza, który początkowo nosił nazwę „Samodzielny Wydział Krajowy”.
Jak zauważa jeden z szefów tego Oddziału płk dypl. Marian Utnik: