Odmówił udania się na emigrację polityczną po wejściu w życie porozumienia z Biyak-na-Bato. Był wobec tego dokumentu wysoce krytyczny, uznawał go za sprzeczny z wolą i pragnieniami Filipińczyków. Podległe mu oddziały rozbito 14 stycznia 1898, jednak rzy miesiące później Makabulos zdołał je odbudować. 17 stycznia 1898 stanął na czele utworzonego przez siebie tymczasowego rządu filipińskiego. Przyjął on za podstawę swego funkcjonowania ustawę zasadniczą, nazywaną potocznie konstytucją Makabulosa. Jego wpływy ograniczały się do środkowego Luzonu.
Po powrocie prezydenta Emilia Aguinaldo do kraju, we wrześniu 1898 Makabulos został awansowany. Jako jeden z dwunastu oficerów filipińskich otrzymał stopień generała brygady. Dołączył tym samym do wyjątkowo młodych wojskowych, którzy pełnili wysokie stanowiska dowódcze podczas narodowowyzwoleńczych konfliktów na Filipinach na przełomie XIX i XX wieku. Nie był przy tym najmłodszym dowódcą filipińskim wymienianym w źródłach. Za takowego uznaje się Manuela Tinio, dziewiętnastoletniego w chwili awansu. Podczas wojny filipińsko-amerykańskej walczył zarówno w Pampandze jak i na Tarlac. Pozostawał w bliskich relacjach z generałem Antonio Luną.