System rozgrywek Rozgrywki o Puchar Słowacji w sezonie 2024/2025 składały się z ćwierćfinałów, półfinałów i finału. We wszystkich rundach obowiązywał system pucharowy. Ćwierćfinałowe i półfinałowe pary zostały wyłonione w drodze losowania. Losowanie ćwierćfinałów odbyło się 15 lipca, a półfinałów – 11 listopada. Ze względu na nieparzystą liczbę drużyn VKP FTVŠ UK Bratislava, jako zdobywca Pucharu Słowacji w sezonie 2023/2024, uzyskał bezpośredni awans do półfinału.
W ćwierćfinałach i półfinałach w ramach każdej pary rozegrano dwumecz. O awansie decydowała liczba zdobytych punktów meczowych. Za zwycięstwo 3:0 lub 3:1 drużyna otrzymywała 3 punkty, za zwycięstwo 3:2 – 2 punkty, za porażkę 2:3 – 1 punkt, natomiast za porażkę 1:3 lub 0:3 – 0 punktów. W przypadku równej liczby punktów grany był tzw. złoty set do 15 punktów z konieczną przewagą co najmniej dwóch punktów jednego zespołu. Gospodarzem pierwszego spotkania w parze była drużyna wylosowana jako pierwsza.