Po przełamaniu polskiego oporu Niemcy dopuścili się zbrodni na ludności cywilnej. Ofiary były rozstrzeliwane, zakłuwane bagnetami lub bite na śmierć kolbami karabinowymi. Do piwnic i do budynków wrzucano granaty. Wrzucano je także do dołów i zagłębień terenu, w których ukrywali się cywile.
Komorów został podpalony pociskami zapalającymi – bez żadnego związku z toczącymi się działaniami bojowymi. Niemcy zamordowali tam 18 osób, w tym sześciu mężczyzn, pięć kobiet oraz siedmioro dzieci poniżej 15. roku życia. Najstarsza ofiara liczyła 70 lat, najmłodsza – 2 lata. Zamordowano m.in. siedmiu członków rodziny Supierz.
W Krasnej zamordowano 10 osób, w tym dwie kobiety. Pięć ofiar było narodowości żydowskiej. Tym samym w obu wsiach zamordowano łącznie 28 osób.
W Komorowie trzy ciężko ranne osoby przeżyły egzekucję. W Krasnej raniona została 8-letnia dziewczynka. Kilku mieszkańców Komorowa i Krasnej dołączono do grupy około piętnastu wziętych do niewoli żołnierzy WP i pognano w kierunku Mniowa. Po drodze kilkukrotnie ustawiano ich do rozstrzelania, do egzekucji jednak nie doszło. Ostatecznie wszystkich zabrano do Łopuszna. Jeszcze 6 września lub następnego dnia cywile zostali zwolnieni do domów.