Cheilocystydy prawie kuliste, maczugowate do prawie maczugowatych, 40–100 × 30–55 μm. Pleurocystydy prawie cylindryczne, zgrubiałe do butelkowatych 50–130 × 35–60 μm. Osłona składa się ze strzępek o kształcie od cylindrycznego do szeroko wrzecionowatego, do 280 × 25 μm, szklistych, nieco zwężonych w przegrodach. Obecne sprzążki. Gatunki podobne Podobne są czernidłówka szarawa (Coprinopsis cinerea) i czernidłówka wełnistotrzonowa (Coprinopsis macrocephala), ale są znacznie cieńsze. Typowa czernidłówka wełnistotrzonowa wytwarza mniejsze bazydiokarpy i większe, prawie cylindryczne zarodniki. Pierścieniowatą porę rostkową mają również niektóre okazy czernidłówki szarawej, jednak nie wszyscy autorzy to zauważają, ponadto pierścień w porach rostkowych czernidłówki szarawej jest mniej wyraźny i występuje tylko w niektórych kolekcjach, a nie we wszystkich zarodnikach. Kołnierze te mają tendencję do odrywania się od zarodników i unoszenia się w preparacie podczas badania mikroskopowego, zwłaszcza gdy próbki zostały przygotowane z wysuszonego materiału.