Następnie uzyskał zezwolenie na służbę w armii rosyjskiej jako sanitariusz, co umożliwiło mu ucieczkę i powrót do macierzystego pułku. W styczniu 1917 był odnotowany w utworzonym ambulatorium dentystycznym w Zambrowie. Po kryzysie przysięgowym (lipiec 1917) kontynuował służbę w Polskim Korpusie Posiłkowym. Był lekarzem II batalionu i jednocześnie 2 pp LP. Po bitwie pod Rarańczą (15/16 lutego 1918) dołączył z II Brygadą Legionów Polskich do II Korpusu Polskiego w Rosji. W szeregach 13 pułk strzelców polskich walczył w bitwie pod Kaniowem (11 maja 1918). Później wziął udział w akcji rekrutacyjnej wśród jeńców z byłego II Korpusu Polskiego, aresztowanych i przetrzymywanych w Białej Podlaskiej i w Brześciu.
24 listopada 1918 został przydzielony do Armii „Wschód”. Uczestniczył w wojnie polsko-ukraińskiej. Z rozmowy telegraficznej pomiędzy kpt. Kazimierzem Świtalskim z Adiutantury Generalnej Naczelnego Wodza a mjr. Mieczysławem Ścieżyńskim z Dowództwa Okręgu Generalnego Kraków, zaewidencjonowanej 17 marca 1919 wynika, że Wiktor Matczyński został zatrzymany w Krakowie przez funkcjonariuszy Policji pod zarzutem współpracy z Ukraińcami i osadzony w więzieniu na Montelupich. W trakcie zatrzymania miał być pobity „po głowie i karku” przez Rudolfa Krupińskiego, dyrektora krakowskiej Policji. Na interwencję mjr.