Cesarz Rudolf II nadał mu tytuł komesa palatyna, po czym van Roomen tytułował się już . W 1603 uzyskał od księcia-biskupa zwolnienie z obowiązków dydaktycznych, by poświęcić się badaniom matematycznym. W latach 1603–1607 dzielił czas między Lowanium a Würzburg. Około przełomu 1604 i 1605 przyjął święcenia kapłańskie. Dowód święceń przedłożył kapitule Neumünster 3 września 1605, a 1 października przyjęto go definitywnie w poczet kanoników. Uroczysta instalacja odbyła się 8 października 1608. W 1607 ostatecznie zrezygnował z würzburskiej katedry, najpewniej przesyłając rezygnację z Lowanium.
mały|Kościół św. Kwintyna w Moguncji, w którym pochowano van Roomena W listopadzie 1609 kapituła wytykała mu częste nieobecności na nabożeństwach i groziła pozbawieniem prebendy:
W czerwcu 1610 van Roomen poprosił kapitułę o zgodę na podróż do Czech. Jak mówił, chciał skorzystać z wód w Pradze, by podreperować siły nadwątlone nauką i pracą. Utrzymywano też, że zaprosił go tam cesarz Rudolf II. We wrześniu poprosił o dwuletni urlop, otrzymał bowiem zaproszenie do nauczania matematyki w Zamościu. Przebywał tam, z przerwami, od września 1610 do lipca 1612.