Trwające trzy lata postępowanie umorzono bez postawienia zarzutów po tym, jak wydawnictwo MIT Press opublikowało pełny kod źródłowy PGP w formie książki PGP Source Code and Internals – druk był chroniony przez pierwszą poprawkę, co pozwoliło obejść ograniczenia eksportowe nakładane na kod cyfrowy.
Po umorzeniu sprawy w 1996 roku założył firmę PGP Inc., przejętą w grudniu 1997 roku przez Network Associates; od 2002 roku doradzał spółce PGP Corporation, aż do jej przejęcia przez Symanteca w 2010 roku.
Późniejsza działalność Zaprojektował protokół ZRTP i program Zfone, służące do szyfrowania rozmów VoIP. W 2012 roku wraz z Mikiem Janke i Jonem Callasem współzałożył Silent Circle, firmę oferującą szyfrowaną komunikację, a w 2013 roku – wspólnie z Ladarem Levisonem, twórcą usługi Lavabit – powołał Dark Mail Alliance, pracujące nad następcą PGP szyfrującym także metadane wiadomości.
Sformułował tzw. prawo Zimmermanna: „naturalny bieg technologii sprzyja coraz łatwiejszej inwigilacji”, a „zdolność komputerów do śledzenia nas podwaja się co osiemnaście miesięcy”.