Formalnie CSIRT MON powołała ustawa o krajowym systemie cyberbezpieczeństwa z 2018 roku, wdrażająca unijną dyrektywę NIS. Od 2019 roku zadania zespołu realizowało Narodowe Centrum Bezpieczeństwa Cyberprzestrzeni (NCBC), konsolidujące zasoby resortu w obszarze cyberbezpieczeństwa, kryptologii i informatyki. 8 lutego 2022 roku na bazie NCBC i podporządkowanych mu jednostek Minister Obrony Narodowej powołał Dowództwo Komponentu Wojsk Obrony Cyberprzestrzeni, które zapewnia funkcjonowanie zespołu do dziś.
3 kwietnia 2026 roku weszła w życie nowelizacja ustawy wdrażająca dyrektywę NIS 2Ustawa z dnia 23 stycznia 2026 r. o zmianie ustawy o krajowym systemie cyberbezpieczeństwa oraz niektórych innych ustaw (). Rozszerzyła ona kompetencje zespołów CSIRT poziomu krajowego oraz wprowadziła Połączone Centrum Operacyjne Cyberbezpieczeństwa jako organ pomocniczy Pełnomocnika Rządu do Spraw Cyberbezpieczeństwa.
Zadania CSIRT MON wykonuje – w granicach swojej właściwości – zadania wspólne dla trzech krajowych zespołów CSIRT określone w art.