Matka, Pelagia z Soczołowskich, miała trójkę rodzeństwa: braci Kazimierza (1835–1908), farmaceutę, społecznika działającego w Radomsku i Juliana (1841–1863), studenta medycynyGłuszko mylnie nazywa Juliana lekarzem (por. zawiadomienie o nabożeństwie żałobnym "za duszę ś.p. Juliana Soczołowskiego, ucznia Akademii Medycznej Warszawskiej, poległego w Radziwiłowie w dniu 1 lipca 1863")., powstańca styczniowego, poległego w bitwie pod Radziwiłłowem oraz siostrę Marię (ur. 1863).
Jan MacDonald miał młodszego brata Piotra oraz trzy siostry: Cecylię (primo voto Mrozowską, secundo voto Gawrońską, zm. 1926), Annę i Stanisławę.
Życiorys i służba wojskowa Po ślubie z Pelagią Eneasz MacDonald otworzył własną aptekę w Błaszkach, w guberni kaliskiej.
Ich syn, Jan w 1864 ukończył Gimnazjum Filologiczne w Kaliszu, a jeszcze w tym samym roku MacDonaldowie przenieśli się do Warszawy. Na tamtejszym uniwersytecie Jan MacDonald ukończył studia matematyczne.