Około 1512 roku rozpoczęto budowę nowego kościoła. Prawdopodobnie w pierwszych latach kierował nią , a po jego śmierci w 1542 roku – Rombout de Dryvere. By zapobiec zalaniom, poziom gruntu wokół kościoła podwyższono o ok. 0,7–1,6 m. W 1549 roku budowa była już na tak zaawansowanym etapie, że nawę poprzedniego kościoła można było rozebrać. Rok później rozebrano halę złotników, by zrobić miejsce na południową nawę. Podczas ataku ikonoklastów w nocy z 22 na 23 sierpnia 1566 roku zniszczony został ołtarz św. Eligiusza. W 1571 roku korpus nawowy konsekrował biskup Haarlemu, dominikanin , który pięć dni wcześniej przyjął święcenia biskupie.
W 1577 roku władze miasta zbuntowały się przeciw hiszpańskiej administracji, a 4 października 1578 roku zdominowana przez kalwinistów rada miejska postanowiła podzielić kościół między katolików i protestantów. Katolickie prezbiterium miało zostać oddzielone ścianą od korpusu nawowego, który miał stać się świątynią kalwińską. Protestanci przejęli jednak kościół zaledwie dzień po dekrecie, przed rozpoczęciem jakichkolwiek prac budowlanych. W 1579 roku dominikanie zostali wysiedleni z klasztoru, a w 1580 roku ich majątek skonfiskowano.