Przez całe lata 90. XX wieku ŁKS krążył między trzecią i czwartą ligą. Na skutek reorganizacji ligi w 1998 roku ŁKS spadł do IV ligi i przez kilka lat nie udawało mu się z niej awansować. Pogorszyła się także frekwencja, na mecze w trzeciej lidze chodziło nawet do 1500 osób, natomiast w IV 400-500 widzów. Po latach posuchy klub wywalczył upragniony awans do III ligi, a po dwóch bardzo dobrych w niej sezonach, udało się wywalczyć historyczny awans na zaplecze ekstraklasy (sezon 2006/07). Średnia widzów na mecz w trzeciej lidze osiągnęła prawie 3000 osób. Rekord frekwencji wynosi ok. 4500 na meczu z MZKS Kozienice w 2006 roku. Po wywalczeniu awansu okazało się, że klub ma poważne problemy finansowe które zostały zażegnane. Wymieniony został prawie całkowicie zarząd klubu, któremu udało się zgłosić klub do drugoligowych rozgrywek.
W sezonie 2006/2007 Łomżyński Klub Sportowy uplasował się na 13. miejscu, dzięki czemu udało mu się utrzymać w II lidze. W sezonie 2007/2008 po rundzie wiosennej do klubu wkroczył kurator Jan Gąsiorek. Zmiana ta nie przyczyniła się do poprawy gry łomżyńskiej drużyny: ŁKS zajmując przedostatnie miejsce w tabeli spadł o jedną klasę rozgrywkową i po reformie rozgrywek grał w nowej II lidze.